Николай Михайлович Ладухин родился в 1860 году в семье петербургского чиновника. Рано лишившись родителей, Ладухин вместе со старшим братом Алексеем Михайловичем (впоследствии известным пианистом) переехал в Москву и поступил в консерваторию, где занимался под руководством С. И. Танеева. В 1886 году после успешного окончания консерватории по классу композиции и теории музыки Ладухин стал преподавателем, а затем одним из видных профессоров и методистов-теоретиков. С тех пор вся жизнь и деятельность музыканта были неразрывно связаны с Московской консерваторией. Не одно поколение учащихся получило теоретическую подготовку у Ладухина; среди его учеников А. Н. Скрябин, Н. К. Метнер, А. Ф. Гедике, А. Б. Гольденвейзер, А. В. Нежданова.
Ладухин был талантливым педагогом. Интересно и доступно излагая предметы теоретического цикла, он сумел быстро завоевать популярность среди студентов и в педагогической среде. Он является автором разнообразных работ по развитию музыкального слуха. Среди них — многочисленные сборники сольфеджио, широко распространенные в педагогической практике на протяжении нескольких десятилетий, практические руководства и сборники задач по курсу гармонии. Создание им новых учебников и учебных пособий по теории музыки, гармонии и сольфеджио помогло восполнить многие пробелы в учебной литературе и заменить ряд несовершенных иностранных учебников (Мармонтеля, Вюльнера и др.). В числе трудов Ладухина — «Опыт практического изучения интервалов, гамм и ритма» (1894), «Краткий курс гармонии» (1896), «Краткая энциклопедия теории музыки» (1897), «Курс гармонии в задачах, образцах и примерах» (1913). Его «Руководство к практическому изучению гармонии с приложением 200 задач» (1898) продолжает замечательные традиции русской педагогической школы — традиции Н. А. Римского-Корсакова и А. С. Аренского.
Ладухин проявил себя и как способный композитор. Его перу принадлежат две симфонии, кантата на слова А. С Пушкина «Песнь о вещем Олеге» (закончена незадолго до смерти), серия педагогических пьес для фортепиано в две и в четыре руки, ряд хоров и романсов (на слова Пушкина, Лермонтова, Кольцова, А. Толстого), сборник «100 детских песен (для одного, двух и трех голосов)». Свою музыкальную картину для струнного оркестра «В сумерках» Ладухин посвятил С. И. Танееву. Произведение было с успехом исполнено в Москве в 1893 году под управлением В. И. Сафонова. Известный русский критик Н. Д. Кашкин отмечал в рецензии на этот концерт: «Сочинение написано очень красиво и тепло… Партитура прекрасно звучала, в ней много поэтических моментов». «Вариации» для большого симфонического оркестра были посвящены Сафонову, который впоследствии не раз дирижировал симфониями Ладухина. Дарование своего молодого коллеги и ученика по достоинству ценили П. И. Чайковский, С. И. Танеев, А. С. Аренский.
Сочинения Ладухина были в свое время популярны и часто исполнялись. Его романсы входили в репертуар известных певцов — Е. А. Лавровской, Н. Н. Фигнера, Н. А. Шевелева, а в концертных программах звучали хоры «В колокол, мирно дремавший», «Шепот, робкое дыханье», ‘Три витязя» и др. Во время революционных событий 1905 года он ежедневно посылал горячую пищу на баррикады, за что получал благодарность рабочих, сражавшихся на Малой Бронной улице (где жил тогда Ладухин). После этих событий музыкант находился под надзором полиции, что, вероятно, явилось одной из причин чрезвычайно долгого — в течение двенадцати лет — рассмотрения царским министерством просвещения ходатайства об утверждении его в звании профессора I степени. Н. М. Ладухин скончался в 1918 году.